Para o controle da mosca negra do citros deve-se tomar as seguintes medidas:

FASE DE PREPARO DE PLANTIO

Faça correção e adubação do solo adequadamente;

Escolher locais com solos ricos em matéria orgânica;

Faça uso de quebra-ventos e cercas vivas;

FASE DE PLANTIO

Utilizar mudas e sementes certificadas;

Cultivo de plantas intercalares no período de formação do pomar;

FASE DE CRESCIMENTO DA PLANTA

Controle de plantas invasoras; 

Monitoramento da ocorrência da praga - levantamentos semanal em brotações novas, folhas novas e maduras, examinando a face inferior à procura de sinais de postura da mosca negra (ovos, ninfas, pupas e adultos);

Aplicação de óleo mineral, 

Aplicação de Álcool com Castanha-de-caju (ACC), Óleo de nim e detergente neutro, Pó da folha de nim, Coquetel de extratos vegetais têm sido testados com sucesso no controle da praga;

Controle biológico com as vespinhas Encarsia opulenta e a Amitus hesperidum. É possível também o controle com Aschersonia aleyrodi, que em algumas regiões e épocas ocorrem naturalmente. 

Referências: 

http://www.fundecitrus.com.br

http://aspta.org.br/wp-content/uploads/2011/05/Uso-de-produtos-naturais-no-combate-a-mosca-negra.pdf